Adapun sebagai sebuah perintah agama, kewajiban khitan sangat baik sekali jika diawali dengan doa. Dalam Kitab Hilyatun Nufus lil ‘Aris wal ‘Arus, tertulis sebuah doa ketika seseorang akan dikhitan yakni:

اَللَّهُمَّ هَذِهِ سُنَّتُكَ وَسُنَّةُ نَبِيِّكَ، صَلَوَاتُكَ عَلَيْهِ وَآلِهِ، وَاتِّبَاعٌ مِنَّا لِنَبِيِّكَ، بِمَشِيْئَتِكَ وَإِرَادَتِكَ وَقَضَائِكَ لِأَمْرٍ أَرَدْتَهُ وَقَضَاءٍ حَتَمْتَهُ، وَأَمْرٍ أَنْفَذْتَهُ، وَأَذَقْتَهُ حَرَّ اْلحَدِيْدِ فِيْ خِتَانِهِ وَحِجَامَتِهِ بِأْمْرٍ أَنْتَ أَعْرَفُ بِهِ مِنِّيْ

Allāhumma hādzihī sunnatuka wa sunnatu nabiyyika, shalawātuka ‘alayhi wa ālihī, wat tibā‘un minnā li nabiyyika, bi masyī’atika, wa irādatika, wa qadhā’ika li amrin aradtahū, wa qadhā’in hatamtahū, wa amrin anfadztahū, wa adzaqtahū harral hadīdi fī khitānihī wa hijāmihī bi amrin anta a’rafu bihī minnī.

Artinya: Ya Allah, ini adalah sunah-Mu dan sunnh nabi-Mu. Semoga rahmat tercurah padanya dan keluarganya. Dan kami mengikuti nabi-Mu dengan kehendak-Mu dan qadha-Mu. Karena suatu hal yang Engkau inginkan. Karena suatu hal ketentuan yang Engkau tetapkan. Karena suatu perkara yang Engkau laksanakan, dan Engkau merasakan padanya panasnya besi dalam khitan dan bekamnya karena suatu perkara yang Engkau lebih tahu dari aku.

اَللَّهُمَّ فَطَهِّرْهُ مِنَ الذُّنُوْبِ، وَزِدْ فِيْ عُمْرِهِ وَادْفَعِ اْلآفَاتِ عَنْ بَدَنِهِ وَاْلأَوْجَاعِ عَنْ جِسْمِهِ، وَزِدْهُ مِنَ اْلغِنَى وَادْفَعْ عَنْهُ اْلفَقْرَ فَإِنَّكَ تَعْلَمُ وَلَا نَعْلَمُ

Allāhumma fa thahhirhu minadz dzunūb, wa zid fi umrihī, wadfa‘il āfāti ‘an badanihī wal awjā‘i ‘an jismihī, wa zidhu minal ghinā, wadfa‘ ‘anhul faqra, fa innaka ta‘lamu wa lā na‘lamu.

Artinya: Ya Allah, maka sucikanlah dia dari dosa-dosa. Tambahlah umurnya. Jagalah tubuhnya dari penyakit. Dan tambahlah kekayaan padanya dan jauhkan dari kefakiran. Maka sesungguhnya Engkau Maha Mengetahui sementara kami tidak mengetahui.